Mitsuha é uma garota do ensino médio que mora na cidade de Itomori, na região montanhosa de Hida, Japão. Entediada com a vida no campo, deseja ter uma vida mais agitada, querendo mudar-se para Tóquio. Com sua avó e irmã mais nova, ela faz saquê e o leva como oferenda ao túmulo da família em uma montanha fora da cidade.

  Taki, um garoto do ensino médio que vive em Tóquio, começa a trocar de corpo com Mitsuha por várias vezes. Eles percebem que isso não é um sonho quando seus amigos e familiares dizem que eles agiram muito estranhamente recentemente. Um dia, ambos decidem começar a se comunicar, deixando bilhetes. Eventualmente, as trocas param, motivando Taki a ir mais a fundo em suas pesquisas.

  A pequena cidade interiorana de Itomori, terra natal e lar de Mitsuha, é uma pacata comunidade estabelecida ao redor de um grande lago, supostamente criado pelo impacto de um cometa.

  Com um famoso festival de outono repleto de cultura, a cidade valoriza suas tradições e segue seu próprio tempo. Templos e florestas fazem parte do dia-a-dia dos moradores da cidade.

  A maior metrópole do Japão, essa enorme região urbana é o lar de Taki. Como em outras grandes metrópoles, a vida em Tóquio é movimentada e cansativa. Sendo umas das regiões mais densamente populosas do mundo, não é incomun o sentimento de solidão. Com um horizonte de arranhacéus, mar e montanhas, a diversidade é enorme e as oportunidades são inúmeras, se ao menos houvesse tempo para apreciar.